Miasto Zamość zostało założone w
1580 r. na gruntach wsi Skokówka, przez kanclerza i hetmana
wielkiego koronnego Jana Zamoyskiego jako nowa siedziba
rodowa i stolica zamierzonej ordynacji zamojskiej. Jan
Zamoyski zbudował tu ufortyfikowaną warownię i chroniącą
szlak kupiecki, prowadzący z Wołynia i Lwowa do Lublina i
Warszawy. W 1589 r. za zgodą Sejmu ogromne dobra kanclerza,
położone w południowej części województwa lubelskiego i
północnej bełskiego (ok. 600 tys. ha) zostały połączone w
niepodzielną całość, dziedziczoną w całości przez
najstarszego syna (lub najbliższego krewnego) poprzedniego
ordynata. Ordynacja zamojska istniała aż do drugiej wojny
światowej.
Wkrótce po założeniu miasta, przywilej osadniczy otrzymali Ormianie (1585) i Grecy (1589). Choć akt lokacyjny nie zezwalał Żydom na osiedlanie się w mieście, już w 1586 r. także oni uzyskali prawo do zamieszkania w Zamościu. Położenie miasta ułatwiało jego ekonomiczny rozwój, tworząc warunki dla osiedlania się tu także Niemców, Szkotów, Holendrów i Włochów, dzięki czemu szybko zyskało charakter wieloetnicznego miasta handlowego. Zamość stał się także ośrodkiem akademickim — w 1595 r. otwarto tu Akademię Zamojską, trzecią uczelnię wyższą w Rzeczypospolitej (po Krakowie i Wilnie).
